Tại kỳ tuyển vận động viên Mỹ cho Thế vận hội mùa hè 2008, Hardy vượt qua vòng loại để được thi đấu cho đội tuyển Olympic Mỹ.[22][23][24] Một vài tuần sau, vào ngày 23 tháng 7 năm 2008, Hardy được thông báo rằng mẫu thử thứ hai trong ba mẫu thử của cô từ kỳ tuyển dương tính ở mức độ thấp với chất cấm clenbuterol; thông báo này ngay lập tức bị rò rỉ ra các phương tiện truyền thông.[25] Vào ngày 24 tháng 8 năm 2008, luật sư của cô xác nhận rằng mẫu thử "A" và "B" của cô được nộp lên từ ngày 4 tháng 7 dương tính với clenbuterol, một chất cấm vì nó làm giảm cân và tăng khả năng hoạt động của cơ

Hardy tuyên bố rằng cô trong sạch và nói rằng cô chưa bao giờ biết tới hay nghe gì về clenbuterol,[26] cho rằng kết quả dương tính này đến từ thực phẩm bổ sung hoặc là một sự phá hoại. Các phương tiện truyền thông cho biết chất cấm đến từ thức ăn bổ sung bị ô nhiễm đồng nghĩa với việc bị cấm thi đấu hai năm. Một ví dụ đó là kình ngư Mỹ Kicker Vencill, người đã thắng trong vụ kiện công ty kem chống nắng sau khi bị cấm liên quan tới các hoạt động thể thao chuyên nghiệp.[27] Dưới cả luật lệ quốc tế và luật của Mỹ, thiếu hiểu biết về sản phẩm đã sử dụng không được tính trong việc bào chữa cho kết của dương tính với chất cấm.

Vào ngày 1 tháng 8 năm 2008, sau khi Hardy nghe phán quyết của Ủy ban chống dopping Mỹ (USADA), USADA đã đưa ra một thông báo, đó là "Ủy ban chống dopping Mỹ (USADA) tuyên bố rằng vận động viên môn bơi lội, Jessica Hardy, đến từ Long Beach, California, đã dương tính với chất cấm clenbuterol tại đợt tuyển chọn vận viên Mỹ cho Olympic vào ngày 4 tháng 7 năm 2008, và đã đồng ý tự nguyện rời khỏi đội tuyển Mỹ tham dự Olympic 2008 vì lợi ích chung của toàn đội." Vào tháng 5 năm 2009, thông báo cho biết Hardy sẽ bị cấm một năm khỏi mọi hoạt động liên quan tới thể thao trong 1 năm.

Vào ngày 21 tháng 5 năm 2010, Toàn án thể thao tối cao (CAS) đồng ý với quyết định năm 2009 của Tòa án thể thao Mỹ và từ chối đề xuất của WADA (Tổ chức chống dopping Mỹ) là tăng án phạt thêm một năm lên thành hai năm. Tuy nhiên, CAS không đồng ý cho Ủy ban Olympic quốc tế tham gia vào vụ việc này cũng như không xem xét đề nghị được tham dự Olympic 2012 ở London của cô.[28] Vào tháng 4 năm 2011, thông báo cho biết cô đủ điều kiện để tham đự kỳ Thế vận hội mùa hè năm 2012.[29]